یکی از جوامع یهودی که بیشترین کشته را نسبت به تعداد جمعیت دادند ، یهودیان مجارستانی بودند. تقریبا بین ۷۰ تا ۸۰ درصد یهودیان مجارستان در جریان هولوکاست قتل عام شدند که اکثریت آنها در پایان جنگ در سال ۱۹۴۴ اتفاق افتاد ، نیروهای متفقین از سال ۱۹۴۰ کاملا از اشویتز و بقیه اردوگاههای مرگ خبر داشتند ولی کاری نکردند ، تنها در عرض ۵۶ روز ۴۳۷ هزار یهودی مجارستانی با قطار به اشویتز منتقل شدند که همگی آنها نابود شدند. ارتش انگلیس و آمریکا تنها با بمباران مسیر قطار میتوانستند از این قتل عام تا اندازه بسیار زیادی جلوگیری کنند که نکردند.
مجامع فاشیستی در مجارستان با استقبال مردمی گرمی روبرو بودند. حاکم دیکتاتور مجارستان، میکلوس هورتی (Miklos Horthy) با آلمان نازی متحد شد و یک سری قوانین ضد یهودی را به تثبیت رساند. این رژیم حدود 100,000 مرد یهودی را به صورت اجباری در گردان های کاری بسیج نمود؛ حدود 40,000 نفر ار آنها به هلاک رسیدند.
پس از پیوستن مجارستان به جبهه جنگ ضد شوروی، حدود 18,000 آواره یهودی از میان اتباع لهستان و شوروی به آلمان تحویل داده شده و در کمنتس-پولدولسکی (Kamenets-Podolski شهری در جنوب غرب اوکراین) به قتل رسیدند. با این حال، قتل عام یهودیان در مجارستان دیرتر و تنها پس از از تصرف این کشور به دست نازی ها در مارس 1944 آغاز شد؛ و این وقفه به علت مقاومت میکلوس هورتی در مقابل فشارهای هیتلر به منظور سپردن یهودیان به دست نازی ها بود. در این نقطه زمانی و به علت انضمام سرزمین هایی از اسلوواکی، رومانی و یوگسلاوی به مجارستان، شمار یهودیان در خاک مجارستان به حدود 800,000 رسید. اخراج به سوی آشویتس-بیرکناو در ماه مه 1944 آغاز شد. حدود 437,000 یهودی طی 56 روز با قطار به آنجا فرستاده شدند.
پس از به سلطه رسیدن حزب "صلیب پیکانی" (Arrow Cross Party) در اکتبر 1944، هزاران یهودی از بوداپست در سواحل رود دانوب به قتل رسیدند و ده ها هزار تن از آنان با راهپیمایی های مرگبار به سوی مرز لهستان روانه شدند. در مجموع 565,000 نفر از یهودیان مجارستان قتل عام شدند.